Руководитель экспедиции – доктор геологии Э. В. Толль; командир «Зари» – лейтенант Н. Н. Коломейцев, с марта 1901 года – лейтенант Ф. А. Матисен; штурман-гидрограф – лейтенант А. В. Колчак; врач экспедиции – доктор медицины Вальтер; астроном-магнитолог – доктор Зееберг; представитель Санкт-Петербургского зоологического музея – доктор биологии Баляцкий-Бирюля. Экипаж состоял из военных моряков.

Яхта «Заря» была построена в 1873 году как трёхмачтовый китобойный барк «Таральд Харорангер» известным норвежским судостроителем Колином Арчером в городе Христиания, ныне Осло, специально для промысла китов в Арктических морях.
В дополнение к парусному вооружению судно имело паровую машину в 40 лошадиных сил. Разработанная на чисто практической основе с использованием русского поморского принципа строительства великих кочей, судно отличалось необычной крепостью, остойчивостью и хорошими мореходными качествами. Кроме этого, форштевень был покрыт железной обшивкой, имелся специальный ледовый пояс шириной 3 метра.
В 1899 году Э. В. Толль по рекомендации адмирала С. О. Макарова обратился к известному полярному исследователю Ф. Нансену с просьбой о приобретении надёжного судна для многолетней экспедиции в поисках земли Санникова.
После приобретения барка в Санкт-Петербурге был произведён его ремонт и модернизация. По просьбе Э. В. Толля и С. О. Макарова был сформирован экипаж из лучших моряков Балтийского флота. Барк получил парусное вооружение баркентины и назван «Заря».
Было оборудовано помещение для проведения различного рода наблюдений и исследований по морской биологии, гидрологии, геологии, гидрографии, магнитных и бактериологических исследований.
Финансировала экспедицию Российская Академия наук. Академия, согласно вексиллологическому табелю, своего флага не имела, главный Военно-морской штаб отказал в ношении как военно-морского Андреевского флага, так и флага судов вспомогательного флота. Поэтому «Заря» получила регистрацию в санкт-петербургском яхтклубе как яхта «Заря».
4 июля 1900 года «Заря» вышла из Кронштадта, провожаемая жителями и лично С. О. Макаровым, под салют крепостной артиллерии.
Первый порт захода – Ревель (Таллин), далее – норвежский Тромсе, где были пополнены запасы и закуплено новейшее оборудование. Последним портом захода был Александровск-на-Мурмане (ныне Полярный). «Заря» посетила остров Кузькин (Диксон).
Первого октября 1900 года «Заря» стала на зимовку на западном побережье Таймыра в заливе Колина Арчера, где были произведены различные исследования, и Э. В. Толлем сделана запись: «Таймыр – это полная таблица Менделеева».
Только в августе 1901 года «Заря» вышла вновь в море. На мысе Челюскин А. В. Колчак произвёл навигационные и астрономические определения координат. Определённые С. Челюскиным в 1734 – 1736 годах координаты при примитивности приборов того времени поразили гениальностью русского штурмана.
Далее «Заря» следует в район Новосибирских островов, затем к архипелагу де Лонга.
В сентябре 1901 года «Заря» стала на вторую зимовку в одной из бухт островов Новая Сибирь (Новосибирские острова). В мае 1902 года Э. В. Толль, доктор Зееберг и два проводника на собачьих упряжках отправились в район островов Беннета (архипелаг де Лонга). Больше Э. В. Толля и его спутников никогда не видели.
Арктика хранит много печальных загадок. Лейтенант Ф. А. Матесен пытался подойти к островам Беннета, чтобы снять Толля и его спутников, но из-за активной подвижки льдов вынужден был следовать ранее данному ему распоряжению Э. В. Толля – идти в бухту Тикси. Там яхта «Заря» была поставлена на вечную стоянку. Экипаж «Зари» на пароходе «Лена» был доставлен в Якутск и далее в Санкт-Петербург. «Заря» была передана в Тикси представителю купеческого дома Громовых. В июле 1903 года в Тикси прибыл лейтенант А. В. Колчак с 10 матросами, которые сняли баркас с «Зари» и под парусами и вёслами вышли в Северный Ледовитый океан к островам Беннета. Там было найдено письмо
Э. В. Толля с записью: «Земли Санникова – нет. Мираж. Уходим на материковый берег».
Возвратился А. В. Колчак и его команда в Иркутск в начале января 1904 года. Началась русско-японская война. А. В. Колчак был направлен в Порт-Артур, где проявил себя как мужественный офицер.  К фамилии «Колчак» было добавлено «Полярный».
В 1906 году вдова Э. В. Толля Эмелина Толль издала дневники учёного на немецком языке. К сожалению, в России полного перевода дневников Толля не было. В сокращении вышло ограниченным тиражом лишь одно издание «Географиздата» в 1959 году. Полное издание Э. В. Толля в России – два экземпляра (в Русском Географическом обществе и в библиотеке Академии Наук). Очень жаль, что данная экспедиция предана забвению.

Семён Калика